Севастопольская детская морская флотилия была создана 1 июля 1967 года решением исполкома Севастопольского городского Совета № 13-П от 18 июня 1967г. 1 октября 1967 г. состоялся первый большой сбор слушателей флотилии, где были сформированы кружки судоводителей, радистов, матросов, юнг и мотористов.
5 ноября 1967 г. состоялось торжественное открытие флотилии в присутствии руководителей города, представителей командования Черноморского флота и руководства Севастопольского морского завода.
Директивой главкома ВМФ СССР С. Г. Горшкова детской флотилии был передан малый противолодочный корабль МПК-108, переименованный в "Юный севастополец". 5 ноября, в день первой годовщины СДМФ, по приказу заведующего городским отделом народного образования Севастополя № 229 от 4 ноября 1968 г. было произведено торжественное поднятие флага вспомогательных судов на учебном корабле "Юный севастополец" и этот день был объявлен годовым праздником учебного корабля и Севастопольской детской морской флотилии.
В октябре 1972 г. директивой главкома ВМФ СССР С. Г. Горшкова флотилии было передано малое гидрографическое судно ГС-36, переименованное в "Романтик",
а в мае 1988 г. по приказу командующего КЧФ адмирала Хронопуло М. Н. флотилии были переданы два учебных катера ПОК-754 и ПОК-550 от Черноморского высшего военно - морского училища им. П. С. Нахимова, переименованные в учебные суда "Надежда" и "Мечта".
Имя Героя Советского Союза Н.Г. Кузнецова флотилии присвоено Постановлением Совета Министров УССР от 27 февраля 1991г. № 48 за большую и плодотворную работу по военно-патриотическому воспитанию подрастающего поколения будущих моряков.
За сорок пять лет своего существования было произведено сорок четыре выпуска слушателей флотилии, насчитывающие более десяти тысяч человек, из них более половины связало свою жизнь с военно-морским и гражданским флотом.
В разные годы директорами флотилии были: капитан 1 ранга П.М. Волков (1967-1970г.г.), капитан 1 ранга В.И. Бугаенко (1970-1971г.г.), капитан 3 ранга В.П. Кондратьев (1971-1987г.г.), вице-адмирал Ф.Т. Старожилов (1988-1992г.г.), капитан 1 ранга В.Ф. Левченко (1992-2011г.г.), капитан 3 ранга А.А. Осокин (с 2011г.).
